蛋白酶（Protease）是水解蛋白质肽链的一类酶的总称。蛋白表达纯化时常用HRv3C（HRv3C蛋白酶）、Ulp1（SUMO蛋白酶）、rTEV（重组烟草病毒蛋白酶）等蛋白酶切除蛋白标签。
HRv3C（HRv3C蛋白酶）
经过基因工程改造后的重组蛋白酶
特异性识别：Leu-Glu-Val-Leu-Phe-Gln-Gly-Pro八氨基酸序列
剪切位点：在Gln-Gly之间
含标签：GST标签、His标签
作用后去除方法：GSH树脂或Ni柱
Ulp1（SUMO蛋白酶）
具有较高活性的半胱氨酸蛋白酶
特异性识别：SUMO蛋白的三级结构
含标签：多聚His标签
作用后去除方法：亲和层析
特性：可以高效而且特异性地将SUMO蛋白从重组融合蛋白上切割下来，在较宽范围的反应环境体系中能保持较高的活性，如温度（4-30℃），PH (5.5-9.5)等
rTEV（重组烟草病毒蛋白酶）
经过基因工程改造后的重组蛋白酶
特异性识别：Glu-Asn-Leu-Tyr-Phe- Gln-Gly 七氨基酸序列
含标签：该酶经 6×His 标签纯化而得（含组胺酸标签），纯度达99％
作用后去除方法：His标签纯化树脂Ni-NTA Resin(Cat.No. P2010)
特性：rTEV 蛋白酶与肠激酶 U(EK)、Thrombin、FactorXa、SUMO 等蛋白酶相比，具有高活性、高特异性的双重特点，rTEV 蛋白酶因具高剪切活性和特异性，已成为融合蛋白表达后去除融合 tag 的首选蛋白酶。
TEV蛋白酶结构
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